目前，冷凍式干燥機在設計與制造上還有不足之處。如壓縮機設備的利用效率不高，這一現象主要是設備配置欠佳，冷損失較大等原因造成的。由于負荷的變動，壓縮空氣處理量也會隨之變化，換熱器及蒸發器的換熱系數也會改變，特別是預冷器與蒸發器的傳熱負荷配比也會發生變化，因此存在一個優化問題。凍干機中蒸發器捕水的性能，直接影響著整機的性能和制造成本，因此研究捕水器的結構和結霜特性也非常重要。另外，由于制作工藝水平的限制，冷阱中的換熱盤管布置不緊湊，制冷劑分配不均等，這些都是導致制冷效果差的原因。所以提高各個部件的運行效率，減少各種冷量的損耗，在細節上進一步改進是干燥器的發展方向之一。
冷凍式干燥器目前在藥品的生產領域應用的越來越廣泛，近年來冷凍技術有很大的發展。傳統的制藥工藝中，有些環節操作人員直接與藥品接觸，成為藥品污染的主要來源，而無菌工作造價也很昂貴。目前，各種自動進出料生產線正在大量使用。這樣可以更好地保證產品的無菌要求和保護操作人員的安全，實現凍干機在醫藥領域中的自動化和無菌生產。同時，提高各部件運行效率，達到人、物隔離要求，也是凍干機在醫藥領域發展的方向。
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